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碇真嗣从小便被父亲抛弃，承受着无边的孤独，他在自己的心灵周围设置下重重的壁垒，拒绝与他人的交流，也逃避着整个世界。
——这一切都持续到他十四岁那年为止。
许是他一直逃避世界的行为得到了上天的惩罚，当他某一天睁开眼睛的时候，目光所到之处，尽是那阴沉而压抑的天空，与漫山遍野的墓碑。
然后，那个被他称作师父的骑士出现了，用不讲理的热情与善意劈开了碇真嗣的龟壳。
在那个人的引导下，他被迫着松开捂着耳朵的双手，睁开眼睛，去面对一切，面对铁与血，剑与火的磨砺。
而当他稍微成长一点之后，再度回到现实世界，面对那巨大的紫色机器人的时候，故事，又会走向何方呢？