第一卷

• 楔子
• 1.第三新东京市
• 2.新世界
• 3.天使……与人类补完
• 4.新居
• 5.葛城家的人们
• 6.失踪之人，迷茫的心
• 7.迷茫……纯粹的旁观者即为神明
• 8.入侵者与……入侵者
• 9.雷米尔之眼
• 10.心
• 11.自逃避之茧踏入世界
• 12.魔眼
• 13.脸疼
• 14.不能逃避
• 15.明日香
• 16.幕间（剑道场）
• 17.幕间（校园）
• 18.幕间（日常）
• 19.幕间（回溯）
• 20.跃出……予以自由之鱼的吻
• 21.见证，曾经存在之物
• 22.句号
• 23.空天使坠落
• 24.EVA屹立于大地
• 25.想要做的——
• 26.离开
• 27.启
• 28.末
• 29.风雨欲来
• 30.她、她、他……她们的星期六
• 31.你以为我是第九使徒？
• 32.其实我是苏鲁特哒！
• 33.火焰，的故事
• 34.火焰
• 35.毁灭与创造

第二卷

• 楔子
• 1.等价交换的世界
• 2.炼金术师
• 3.中央市
• 5.飞艇、大总统，钢
• 6.图书馆所收获的……疑惑
• 7.幕间（蛋饼地狱）
• 8.幕间（吾辈之死）
• 9.幕间（丑陋怪物）
• 10.反派
• 11.行将离别前的……赠言
• 12.线索：合成兽
• 13.缀命之炼金术师
• 15.修·塔克的实验
• 16.开考日
• 17.考
• 18.「吾辈」再现？
• 19.来不及了
• 20.豪腕之炼金术士
• 22.分道扬镳、雪
• 23.布里克斯
• 24.书接上章
• 25.年
• 26.重返、戒严与杀手
• 咕咕咕
• 27.暗中的人
• 28.祈祷的人
• 29.车上的人
• 30.铜之炼金术师
• 31.火车站外的决斗
• 32.「公平」决斗
• 33.趁人不注意，我要偷偷开一下魔眼
• 34.我叫它雪儿
• 35.霜雾
• 36.背锅人
• 37.际遇，再遇
• 38.接风宴谈
• 39.幕间（大总统）
• 40.幕间（窥伺者）
• 41.两开花
• 42.冰结之炼金术士
• ……